Arrêt maladie et salaire : IJSS, maintien et fiche de paie

Un salarié vous transmet un arrêt de travail et une question se pose immédiatement : qui paie quoi, et comment traduire tout cela sur la fiche de paie ? Entre la carence de la Sécurité sociale, les indemnités journalières (IJSS), le complément légal de l'employeur et les règles propres à votre convention collective, la gestion d'un arrêt maladie fait intervenir plusieurs payeurs et plusieurs calendriers. Ce guide fait le point pour l'employeur de TPE, en intégrant les évolutions de 2026 : plafonnement de la durée des arrêts prescrits, jurisprudence sur les congés payés et acquisition de congés pendant l'arrêt.

Ce qui ne change pas, ce qui change en 2026

Bonne nouvelle pour vos habitudes de paie : les paramètres d'indemnisation d'un arrêt maladie restent stables en 2026. Les nouveautés portent sur la durée des prescriptions, les congés payés et les formalités.

Ce qui ne change pas	Ce qui change en 2026
IJSS = 50 % du salaire journalier de base	À compter du 1er septembre 2026, la durée de prescription des arrêts est plafonnée : 31 jours en primo-prescription, 62 jours par renouvellement (LFSS 2026, art. 81 et décret du 12 juin 2026)
Carence Sécurité sociale : 3 jours	Jurisprudence congés payés : le salarié malade pendant ses congés récupère les jours coïncidant avec l'arrêt (Cass. soc. 10 septembre 2025)
Maintien employeur : 90 % puis 66,66 % du brut, après 7 jours de carence	Le plafond de revenu servant au calcul des IJSS (1,4 SMIC) suit mécaniquement chaque revalorisation du SMIC

Ne pas confondre durée de prescription et indemnisation

Le plafonnement à 31 jours (ou 62 jours en renouvellement) applicable au 1er septembre 2026 concerne la durée de chaque prescription médicale, avec dérogation possible du médecin sur justification. Il ne modifie ni le montant des IJSS, ni la carence, ni le maintien de salaire. Un salarié peut toujours être arrêté longtemps : son médecin renouvellera simplement l'arrêt plus souvent.

Qui paie quoi, jour par jour

Pour une maladie non professionnelle, dans le cas général légal (salarié avec 1 an d'ancienneté, hors dispositions conventionnelles plus favorables), le relais des payeurs s'organise ainsi :

Période	Sécurité sociale	Employeur (régime légal)
Jours 1 à 3	Rien : délai de carence de 3 jours	Rien (sauf convention collective plus favorable)
Jours 4 à 7	IJSS (50 % du salaire journalier de base)	Rien : carence employeur de 7 jours
À partir du jour 8	IJSS	Complément jusqu'à 90 % du brut, puis 66,66 %, IJSS déduites

Concrètement, pendant les trois premiers jours, le salarié ne perçoit rien au titre du régime légal. Du 4e au 7e jour, seules les IJSS tombent. Ce n'est qu'à partir du 8e jour que l'employeur entre en scène avec le maintien légal de salaire. En cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, la logique diffère : aucune carence côté employeur, le complément est dû dès le premier jour.

Les IJSS : calcul, plafond et conditions d'ouverture

La formule de calcul

L'indemnité journalière de la Sécurité sociale représente 50 % du salaire journalier de base (SJB). Le SJB s'obtient en additionnant les 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt, puis en divisant ce total par 91,25 (le nombre moyen de jours d'un trimestre).

Exemple pour un salaire brut de 2 000 € par mois

SJB = (2 000 € x 3) ÷ 91,25 = 65,75 €. IJSS = 65,75 € x 50 % = 32,88 € bruts par jour, versés à partir du 4e jour d'arrêt, y compris les week-ends.

Un plafond aligné sur 1,4 SMIC

Depuis le 1er avril 2025 (décret n° 2025-160 du 20 février 2025), le revenu pris en compte pour le calcul est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel, contre 1,8 SMIC auparavant. Sur la base du SMIC en vigueur, cela représente un revenu mensuel pris en compte au maximum de 2 613,83 €, soit une IJSS maximale d'environ 42,97 € bruts par jour (formule : 1,4 x SMIC mensuel x 3 ÷ 91,25 x 50 %). Ce plafond est recalculé à chaque revalorisation du SMIC.

Conséquence directe pour l'employeur

Pour les salariés dont la rémunération dépasse 1,4 SMIC, la part couverte par les IJSS a diminué avec la réforme de 2025. Comme le maintien légal ou conventionnel se calcule IJSS déduites, le complément à la charge de l'employeur a mécaniquement augmenté pour ces salariés.

Les conditions d'ouverture des droits

Pour un arrêt de moins de 6 mois, le salarié doit remplir l'une des deux conditions suivantes :

avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédant l'arrêt ; ou
avoir cotisé, au cours des 6 mois précédents, sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le SMIC horaire, soit 12 494,65 € sur la base du SMIC en vigueur.

La durée d'indemnisation est limitée à 360 indemnités journalières sur une période de 3 ans pour les arrêts de droit commun. En cas d'affection de longue durée (ALD), l'indemnisation peut aller jusqu'à 3 ans.

Le maintien de salaire par l'employeur

Au-delà des IJSS, l'employeur doit verser un complément de salaire légal, prévu par l'article L1226-1 du Code du travail (issu de la loi de mensualisation) et précisé par les articles D1226-1 et suivants.

Les conditions cumulatives

avoir au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise au premier jour de l'arrêt ;
avoir justifié l'incapacité sous 48 heures (envoi de l'arrêt de travail) ;
être pris en charge par la Sécurité sociale ;
être soigné en France ou dans un État de l'UE ou de l'EEE.

Montants et durées : le barème légal par ancienneté

Le maintien s'élève à 90 % de la rémunération brute pendant une première période, puis à 66,66 % (deux tiers) pendant une seconde période de même durée. Les durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté, dans la limite de 90 jours par taux :

Ancienneté	Maintien à 90 %	Maintien à 66,66 %
1 à 5 ans	30 jours	30 jours
6 à 10 ans	40 jours	40 jours
11 à 15 ans	50 jours	50 jours
16 à 20 ans	60 jours	60 jours
21 à 25 ans	70 jours	70 jours
26 à 30 ans	80 jours	80 jours
31 ans et plus	90 jours	90 jours

Ces durées s'apprécient sur 12 mois glissants : les jours déjà indemnisés au cours des 12 derniers mois se déduisent des droits restants. Le complément se calcule IJSS déduites : l'employeur ne verse que la différence entre 90 % (puis 66,66 %) du brut et les indemnités de la Sécurité sociale.

Réflexe n° 1 : vérifier la convention collective

Le barème ci-dessus n'est qu'un minimum légal. Beaucoup de conventions collectives prévoient mieux : maintien à 100 % du net, suppression ou réduction de la carence de 7 jours, condition d'ancienneté abaissée, durées prolongées. Avant d'établir la paie d'un salarié malade, vérifiez systématiquement le texte applicable à votre entreprise.

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L'arrêt maladie sur le bulletin de paie

Avec ou sans subrogation

La subrogation est un choix de l'employeur, signalé en DSN : il maintient le salaire et perçoit directement les IJSS de la CPAM à la place du salarié. Le traitement du bulletin en dépend :

Situation	Traitement sur le bulletin
Sans subrogation	Retenue pour absence maladie et, le cas échéant, complément employeur ; les IJSS n'apparaissent pas (versées directement au salarié par la CPAM)
Avec subrogation	Les IJSS figurent obligatoirement sur le bulletin, en rubrique de revenus de remplacement non soumis à cotisations

CSG, CRDS, impôt : le régime des IJSS

les IJSS maladie ne supportent pas de cotisations sociales ;
elles sont soumises à la CSG au taux de 6,20 % et à la CRDS au taux de 0,50 % (régime des revenus de remplacement, sans abattement), précomptées par la CPAM ;
elles sont imposables à l'impôt sur le revenu, sauf lorsqu'elles se rattachent à une affection de longue durée (ALD) ;
elles ne doivent pas être intégrées au net imposable du bulletin : la CNAM les déclare elle-même à l'administration fiscale, et les ajouter reviendrait à créer un doublon.

Enfin, lorsque la convention collective garantit un maintien à 100 % du net, l'employeur applique le mécanisme de la garantie du net : le complément est ajusté pour neutraliser le gain lié à l'exonération de cotisations des IJSS, afin que le salarié retrouve exactement son salaire net habituel. Le montant net social du mois concerné tient compte de ces éléments.

Congés payés et arrêt maladie : ce que change la jurisprudence

Malade pendant ses congés : les jours sont récupérés

C'est le grand revirement de l'année : par un arrêt du 10 septembre 2025 (Cass. soc., n° 23-22.732), la Cour de cassation juge que le salarié en arrêt de travail pour une maladie survenue pendant ses congés payés a le droit de bénéficier ultérieurement des jours de congé qui coïncident avec l'arrêt. Elle abandonne ainsi sa position antérieure, qui laissait ces jours perdus, pour se conformer au droit européen.

Une condition essentielle : le salarié doit avoir notifié son arrêt de travail à l'employeur. En pratique, à réception d'un arrêt pendant les congés d'un salarié, vous devez requalifier la période en absence maladie et recréditer les jours de congé coïncidant avec l'arrêt, que le salarié pourra reposer plus tard. Des décisions du 21 janvier 2026 (notamment n° 24-22.228) sont venues préciser les modalités de décompte du plafond d'acquisition, apprécié période de référence par période de référence. Avec la saison estivale, mieux vaut cadrer dès maintenant ce process dans votre gestion des absences.

L'arrêt maladie fait désormais acquérir des congés payés

Depuis la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 (articles L3141-5 et suivants du Code du travail), les périodes d'arrêt pour maladie non professionnelle ouvrent droit à 2 jours ouvrables de congés payés par mois d'absence, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence. Les congés acquis pendant l'arrêt et non pris peuvent être reportés pendant 15 mois.

Obligation d'information à la reprise

Dans le mois qui suit la reprise du travail, l'employeur doit informer le salarié du nombre de jours de congé dont il dispose et de la date limite pour les prendre, par tout moyen donnant date certaine. Le bulletin de paie peut servir de support à cette information : tant qu'elle n'est pas délivrée, le délai de report de 15 mois ne commence pas à courir.

Formalités : l'arrêt de travail sécurisé

Rappel utile : depuis le 1er septembre 2025 (décret n° 2025-587), tout arrêt de travail prescrit en version papier doit être établi sur un formulaire sécurisé pour lutter contre les faux arrêts. Un scan, une photocopie ou un formulaire papier non sécurisé est rejeté par l'Assurance maladie : soyez vigilant sur les justificatifs que vous transmettez en cas de subrogation.

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Questions fréquentes

Qui paie le salarié pendant un arrêt maladie ?

Deux acteurs se relaient. La Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS) à partir du 4e jour d'arrêt, après 3 jours de carence. L'employeur complète ensuite ces IJSS à partir du 8e jour d'arrêt (maintien légal de salaire), à condition que le salarié ait au moins 1 an d'ancienneté. De nombreuses conventions collectives améliorent ce socle légal : maintien à 100 %, suppression de la carence employeur ou durées allongées.

Quelle est la différence entre la carence de 3 jours et celle de 7 jours ?

Il existe deux carences distinctes qu'il ne faut pas confondre. La carence de la Sécurité sociale est de 3 jours : les IJSS ne sont versées qu'à partir du 4e jour d'arrêt. La carence de l'employeur est de 7 jours : le maintien légal de salaire ne démarre qu'au 8e jour d'arrêt (aucune carence en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle). Une convention collective peut réduire ou supprimer ces délais côté employeur.

Comment sont calculées les indemnités journalières (IJSS) ?

L'IJSS maladie est égale à 50 % du salaire journalier de base, lui-même obtenu en divisant le total des 3 derniers salaires bruts par 91,25. Le revenu pris en compte est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel depuis le 1er avril 2025. Les IJSS sont versées pour une durée maximale de 360 jours sur 3 ans (jusqu'à 3 ans en cas d'affection de longue durée).

L'employeur est-il obligé de compléter le salaire pendant l'arrêt ?

Oui, sous conditions. L'article L1226-1 du Code du travail impose un maintien de salaire dès lors que le salarié a 1 an d'ancienneté, qu'il a justifié son absence sous 48 heures et que son arrêt est pris en charge par la Sécurité sociale. L'employeur verse alors 90 % du brut puis 66,66 %, IJSS déduites, à partir du 8e jour d'arrêt et pour des durées qui augmentent avec l'ancienneté. La convention collective applicable est souvent plus favorable.

Les IJSS sont-elles imposables et soumises à cotisations ?

Les IJSS maladie ne supportent pas de cotisations sociales, mais elles sont soumises à la CSG (6,20 %) et à la CRDS (0,50 %), précomptées par la CPAM. Elles sont imposables à l'impôt sur le revenu, sauf lorsqu'elles sont liées à une affection de longue durée (ALD). Sur le bulletin, elles ne doivent pas être intégrées au net imposable : c'est la CNAM qui les déclare à l'administration fiscale.

Un salarié tombé malade pendant ses congés payés récupère-t-il ses jours ?

Oui, depuis le revirement de la Cour de cassation du 10 septembre 2025 (n° 23-22.732) : le salarié malade pendant ses congés payés a droit de reprendre ultérieurement les jours de congé qui coïncident avec son arrêt, à condition d'avoir notifié l'arrêt de travail à son employeur. L'employeur doit alors requalifier la période en maladie et recréditer les jours de congé correspondants.

Le salarié acquiert-il des congés payés pendant son arrêt maladie ?

Oui. Depuis la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, un arrêt pour maladie non professionnelle ouvre droit à 2 jours ouvrables de congés payés par mois d'absence, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence. Les congés non pris peuvent être reportés pendant 15 mois, et l'employeur doit informer le salarié de ses droits dans le mois qui suit la reprise, le bulletin de paie pouvant servir de support à cette information.

Qu'est-ce que la subrogation de l'employeur ?

La subrogation est un mécanisme facultatif par lequel l'employeur maintient le salaire et perçoit directement les IJSS de la CPAM à la place du salarié. Elle simplifie la trésorerie du salarié, qui reçoit une paie unique. En cas de subrogation, les IJSS doivent figurer sur le bulletin de paie ; sans subrogation, le bulletin porte seulement une retenue pour absence et la CPAM verse les IJSS directement au salarié.

Sources et textes de référence

Assurance maladie (ameli.fr) :
- Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié — conditions, calcul et plafonds des IJSS
Code du travail et Code de la Sécurité sociale :
- Articles L1226-1 et D1226-1 et suivants du Code du travail (maintien de salaire employeur) — Légifrance
- Article R323-4 du Code de la Sécurité sociale (salaire journalier de base) ; décret n° 2025-160 du 20 février 2025 (plafond de 1,4 SMIC)
- LFSS 2026, article 81, et décret du 12 juin 2026 (plafonnement de la durée de prescription des arrêts au 1er septembre 2026)
Cour de cassation :
- Cass. soc., 10 septembre 2025, n° 23-22.732 — report des congés payés coïncidant avec un arrêt maladie ; précisions Cass. soc., 21 janvier 2026, n° 24-22.228
Service-Public.fr :
- Acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie — loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, report de 15 mois et information du salarié
Urssaf :
- Régime social des revenus de remplacement : CSG 6,20 % et CRDS 0,50 % applicables aux IJSS — urssaf.fr